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Accueil du site > Thèmes de recherche > Etudes structurales et fonctionnelles de nouvelles cibles thérapeutiques par RMN > Activité chaperonne des protéines de nucléocapside des VIH et VIS

Activité chaperonne des protéines de nucléocapside des VIH et VIS

Les protéines de nucléocapside des VIH (NCp7) et VIS (NCp8), sont de petites protéines fortement basiques, caractérisées par la présence de deux domaines à doigt de zinc CCHC. Les NCps sont impliquées dans la transcription inverse et s’associent à l’ARN viral dimérique pour promouvoir spécifiquement son encapsidation. Les structures de NCp8(13-51) de VISlhoest et NCp7(12-53) ont été déterminées par RMN afin d’évaluer l’effet des différences dans leurs séquences sur leur fonction. La structure des doigts de zinc est similaire dans NCp7 et NCp8 et les deux doigts de zinc interagissant fortement l’un avec l’autre dans NCp8. La principale différence structurelle par rapport à NCp7 est observée dans la liaison flexible entre les deux doigts de zinc. Les résidus responsables de l’interaction avec les oligonucléotides adoptent la même orientation dans les deux protéines. La NCp7 joue un rôle important dans le transfert du second brin lors de la transcription inverse. Elle favorise l’hybridation des séquences ADN complémentaires de 18 nucléotides, PBS(+) et PBS(-), situées aux extrémités 3’ de l’ADN(-) et de l’ADN(+). En effet, grâce à son activité chaperonne, la NCp7 a la propriété de déplier les séquences tige-boucle de l’ADN pour les associer en une structure double-brin ADN plus stable énergétiquement. Nous sommes intéressés par le mécanisme sous-jacent à cette activité et nous pensons que le blocage de l’interaction entre NCp7 et des acides nucléiques perturberait une étape importante de la réplication du VIH. Nous avons déterminé la structure d’un complexe entre NCp7 et PBS(-) et la structure du PBS(+). Le prolongement logique de ce travail est de (i) déterminer la structure du complexe entre NCp7 et PBS(+), (ii) définir la façon dont le NCp7 déstabilise ces structures, (iii) caractériser le mode différent de reconnaissance de l’ADN et de l’ARN par la NCp7, (iv) étudier la cinétique de formation du duplex PBS(+)/PBS(-) en présence et en absence de NCp7, (v) caractériser les propriétés chaperonnes de la NCp7.

Collaborations : Y. Mély, Faculté de Pharmacie, Université Louis Pasteur, Illkirch ; S. Amrane, IECB, Bordeaux ; C. Tisné, Faculté de Pharmacie, Université Paris Descartes, Paris

Publications :
- Darlix JL, Garrido JL, Morellet N, Mely Y, de Rocquigny H (2007) Properties, functions, and drug targeting of the multifunctional nucleocapsid protein of the human immunodeficiency virus. Advances in pharmacology 55 : 299-346.
- Bourbigot S, Ramalanjaona N, Boudier C, Salgado GF, Roques BP, Mely Y, Bouaziz S, Morellet N (2008) How the HIV-1 nucleocapsid protein binds and destabilises the (-)primer binding site during reverse transcription. Journal of molecular biology 383 : 1112-28.